Σύμφωνα με τα αποτελέσματα των ερευνών που πραγματοποιήθηκαν στο Εθνικό Πάρκο Αίνου, υπάρχουν οκτώ είδη ερπετών και ένα αμφίβιο. Ο κοινός φρύνος (Bufo bufo) είναι το μοναδικό είδος αμφίβιου που έχει εντοπιστεί, ενώ ο πληθυσμός των ερπετών αποτελείται από ένα είδος χελώνας (Testudo hermanni), τρία είδη σαύρας (Algyroides moreoticus, Algyroides nigropuctatus, Podarcis taurica) και τέσσερα είδη φιδιών (Elaphe situla, Telescopus fallax, Coluber gemonensis, Vipera ammodytes). Εκτός από αυτά, μπορείτε επίσης να δείτε στην ευρύτερη περιοχή του Εθνικού Πάρκου το φίδι του Μονπελιέ (Malpolo monspesulanus), δύο είδη σαυρών χωρίς πόδια (Ophisaurus apodus, Anguis cephallonicus) και την κοινή πράσινη σαύρα (Lacerta trilineata). Ένα άλλο είδος που συναντάται στον Εθνικό Δρυμό Κεφαλονιάς είναι το ιερό φίδι ή φίδι της Παναγίας (Telescopus fallax). Τις ημέρες εορτασμού της Παναγίας τα φίδια εμφανίζονται στα χωριά Μαρκόπουλο και Αργίνια ανάμεσα στα ερείπια του σχολείου και της παλιάς εκκλησίας που είναι αφιερωμένη στην Παναγία. Οι κάτοικοι, θεωρώντας τα ιερά, τα μαζεύουν και τα τοποθετούν μπροστά στην εικόνα της Παναγίας. Η ανακάλυψή τους ανακοινώνεται με το χτύπημα της καμπάνας, ώστε όλοι να γνωρίζουν πόσα φίδια βρέθηκαν σε κάθε χωριό. Η εμφάνισή τους θεωρείται καλός οιωνός. Σημαίνει καλή χρονιά, αποδοτική συγκομιδή, καλή τύχη, γάμο για τα ανύπαντρα κορίτσια κ.ο.κ., ενώ η απουσία τους σημαίνει το αντίθετο. Μετά τις 15 Αυγούστου οι χωρικοί επιστρέφουν τα φίδια στο σημείο όπου βρέθηκαν.